监测全球微生物的进化是一项艰巨的挑战。微生物形成新物种的速度要比人类以及许多其他有性繁殖的动物更快，科学家们发现的微生物新物种数量在过去几年一直在稳定增加。然而有些估计模型认为微生物灭绝速率十分接近于新物种形成的速率，许多曾经存在过的微生物族系已经灭绝了。众所周知，微生物在营养物质循环、农业生产力和土壤健康、产生抗体和抗癌物质以及保护人类肠道健康和免疫系统方面至关重要。然而现在我们仍然在不断探索、学习微生物世界，这意味着微生物保藏变得更加重要。
菌种保藏能够保留微生物多样性，正如种子库能够保留植物基因多样性一样。世界微生物数据中心几乎在世界各地都有微生物菌种保藏中心，总共包含超200万种细菌、真菌以及病毒，然而这一数值也不过是地球巨大微生物种类数的一小部分。
微生物菌种保藏中心会接收来自世界各地的样本，但有些地方要比其他地方产生更多的微生物。微生物资源保藏中心的职员Michael Ramm表示，该保藏中心会接收世界各地的菌种，但主要接收来自于亚洲国家的。有些国家和地区目前是微生物发现的热点地区，并且有着大规模的隔离保藏活动。我们经常会听到生物多样性热点地区一词以及像是渡渡鸟灭绝那样具有警告意味的故事，但是微生物保护并不是公众常谈论的话题之一。
我们忽略微生物保护的原因之一是大部分微生物都非人眼可见，而且很难生长在它们自然栖息地外，仅有不到2%的环境细菌能够在实验室里进行培植，这就使得在微生物保藏及培养过程中，寻找到合适的营养、盐分以及大气条件十分艰难。科学家可能需要几个月甚至几年才能将微生物从它的生长环境中分离出来。
